Eszterházán, a mai Fertődön viszonylag későn adtak engedélyt gyógyszertár létesítésére. Ennek oka valószínűleg az volt, hogy az Eszterházy hercegek rendelkeztek saját gyógyszertárral. Ezt a magyarázatot támasztja alá, hogy egy 1781-ben keltezett, ismeretlen szerzőjű verses leírás szerint a Muzsikaházban „Orvoss, Apotheke mind feltaláltatik”. Levéltári adatok és korabeli kastéyleírások szerint is a Muzsikaházban kapott helyet egy jól felszerelt gyógyszertár. Valószínű, hogy ez a gyógyszertár a hercegi család és a cselédség egészségügyi ellátását szolgálta.

1909-ben Mester Ferencz okleveles gyógyszerész kérte és kapta meg a patika alapításának jogát. 1925-től Nindl János gyógyszerész a tulajdonosa a fertődi Páduai Szent Antal Gyógyszertárnak. Az ő ideje alatt a hercegség innen vásárolta a gyógyszereket. Minden hónapban – a megőrzött receptek alapján – az uradalmi intéző elszámolt a gyógyszertárral.. 1942-től az 1950-ben végrehajott államosításig Nindl Eleonóra, Nindl gyógyszerész lánya vezette a gyógyszertárat. 1950-ben Kreuz Waldemár mihályi gyógyszertár-tulajdonost helyezték Fertődre gyógyszertárvezetőnek. Őt 1966-ban Simon Istvánné követte, aki 2003-ban bekövetkezett haláláig vezette a patikát.

1975-ben új gyógyszertár került átadásra.

A fertődi gyógyszertár privatizációja 1997-ben valósult meg. A gyógyszertár működtetője ettől kezdve a Fertődi Patika Bt.. Tulajdonosa a privatizációtól 2008 végéig a Simon és a Kránitz család volt. A gyógyszerár vezetője 2003 – 2011 között Kránitz Tiborné volt. Helyére nyugdíjba vonulásakor, 2012-ben Pap Mónika került.

A gyógyszertár Fertőszéplakon – az orvosi rendeléshez igazodva - heti három alkalommal nyitva tartó fiókpatikát működtet.